Det finns några viktiga skillnader mellan nappflaskor i glas och plast. Plastflaskor är lätta och tåliga, vilket gör dem praktiska för resor. De är också mindre benägna att gå sönder om de tappas. Å andra sidan kan vissa föräldrar vara oroade över eventuell kemisk läckage från plastflaskor, även om de nuförtiden mycket sällan innehåller BPA och andra betänkliga ämnen. Glasflaskor är icke-porösa och inte benägna att absorbera lukt eller missfärgas. De är också mer hållbara över tid och kan steriliseras i högre temperaturer. Nackdelen är att de är tyngre och kan gå sönder om de tappas. Båda typerna har sina fördelar och nackdelar, så valet beror på personliga preferenser och behov.